Ierland, negende eeuw. Brendan, een opgewekte en goedlachse weesjongen van 12 leeft in de abdij van Kells dat verscholen ligt in een verlaten groene vallei. Hij wordt er streng opgevoed door zijn oom, de abt Cellach, die de abdij met ijzeren hand leidt. Op een dag ontmoet hij de oude broeder Aidan. Deze ietwat vreemde man is een meester in het illustreren en houdt een buitengewoon, nog onvoltooid boek in bewaring. Enthousiast en begeesterd door deze ontmoeting laat Brendan zich meeslepen door de lokroep van de creativiteit en verbeelding. Hij heeft slechts nog één doel voor ogen: zelf meester illustrator worden en het waardevolle boek van Kells afwerken. Hij weet uiteindelijk te ontsnappen aan de sterke greep van zijn oom en waagt zich buiten de muren van Kells.
Het weesmeisje Penny wordt gevangen gehouden door de gemene Medusa en haar man, tevens ‘hulpje’, Soeps. Ze hebben Penny nodig om een diamant, het Duivelsoog, terug te vinden in een voormalig piratenhol, gelegen in het Duivelsmoeras. De enige toegang tot dit hol is namelijk te klein voor een volwassene om door te kruipen.
Aan het begin van de film slaagt Penny erin een noodbericht in een fles te stoppen en in de rivier te laten wegdrijven. Na een lange reis komt deze fles terecht in New York City, alwaar hij wordt gevonden door de Hulp- en Redvereniging (Rescue Aid Society): een soort Verenigde Naties met muizen van over de hele wereld als leden. Deze muisvereniging wil de zaak oplossen. De mooie Juffrouw Bianca, een Hongaarse vertegenwoordigster, neemt de taak op zich. Ze kiest Bernard die zowel de portier als de conciërge is, als haar co-agent.
De twee beginnen hun onderzoek in het weeshuis waar Penny ooit verbleef. Daar ontmoeten ze de kat Dobber, die hen vertelt dat Penny door Medusa is meegenomen. De twee haasten zich naar Medusa’s ‘prullenboutique’ dat niet ver van het weeshuis ligt. Daar horen ze haar praten met Soeps. Medusa is niet tevreden over de vorderingen en besluit zelf naar het Duivelsmoeras te komen. De muizen proberen met haar mee te reizen. Wanneer dit mislukt, laten ze zich door Overmoed, een albatros, naar het Duivelsmoeras brengen.
In het Duivelsmoeras ontmoeten ze een aantal lokale muizen en andere dieren, die besluiten mee te helpen. Helibel, een libel, brengt de twee naar de oude raderboot waar Penny wordt vastgehouden. Samen met haar beramen ze een ontsnappingsplan.
De volgende dag vindt Penny in de grot eindelijk de diamant. Medusa’s hebzucht neemt bezit van haar: ze verstopt de diamant in Penny’s teddybeer en maakt plannen om zonder Penny en Soeps te vertrekken. Dankzij Bernard en Bianca kan Penny haar teddybeer terugkrijgen. Daarna vluchten zij en de muizen weg met Medusa’s moerasmobiel, terwijl de andere dieren voor afleiding zorgen. Ze steken onder andere het vuurwerk van Soeps af, waardoor de boot ontploft. Medusa probeert hen nog te stoppen met behulp van haar huisdierkrokodillen Nero en Brutus, maar ze faalt.
Terug in New York schenkt Penny de diamant aan het Smithsonian Institution. Zelf wordt ze eindelijk geadopteerd. De film eindigt met Bernard, Bianca en Helibel die op een nieuwe missie vertrekken.
De 12-jarige Ted woont in Thneedville, een stad volledig opgebouwd uit plastic en metaal. Zelfs de bloemen en het gras zijn nep. De stad is volledig omringd door een hoge, dikke metalen muur. Sinds oprichting heeft geen enkele inwoner de stad nog verlaten. Burgemeester Aloysius O’Hare is multimiljonair dankzij zijn bedrijf dat “propere lucht” produceert. Omdat er geen bomen zijn, is de luchtpollutie zo erg dat mensen hun zuurstof dienen aan te kopen.
Ted is stiekem verliefd op Audrey en wil haar grootste droom in vervulling laten gaan: het zien van een echte boom. De grootmoeder van Ted heeft de tijd van de bomen nog gekend. Zij onthult dat “de Once-ler” (ook wel de Foetsie genoemd), die buiten de stad woont, weet wat er met de bomen is gebeurd. Ted vindt een manier om buiten de stadsmuren te geraken en komt in een woest, dood, onherbergzaam gebied. Daar vindt hij de excentrieke Once-ler.
Toen de Once-ler jong was, ging hij op zoek naar een product dat de wereld zou veroveren. Op zekere dag belandt hij in een mooi, prachtig bos waar de dieren in harmonie leven. De bomen, Truffula genoemd, hebben geen echte bladeren, maar lijken eerder op lange wolgaren. Dit brengt de Oncle-ler op een idee. Met de “bladeren” zal hij een “Thneed” maken: een weefsel voor allerlei doeleinden, gaande van kledingsstukken tot stofvodden.
De Once-ler hakt, tot afschuw van de dieren, een boom om. Even later verschijnt op mysterieuze wijze een wezen met rosse vacht dat zichzelf voorstelt als Lorax: de vertegenwoordiger van de bomen. Hij en de Once-ler komen tot een afspraak: er worden geen bomen meer omgehakt, maar de bladeren worden op ecologische wijze geplukt. De Thneed wordt een success en de Once-ler schakelt zijn familie in als extra personeel. Zij zijn van mening dat de pluk te traag verloopt en kunnen de Once-ler overtuigen om de bomen toch om te hakken. Op een dag licht de Lorax de Once-ler in dat men door wanbeheer de laatste boom heeft omgehakt. Hierdoor kan het bedrijf geen Thneeds meer maken. Iedereen laat de Once-ler in de steek: zijn familie vertrekt, de dieren migreren omdat het gebied onleefbaar is geworden en de Lorax verdwijnt. Hij laat enkel een steen achter met het opschrift “Unless” (= tenzij).
Nadat de Once-ler zijn verhaal heeft gedaan, begrijpt hij wat de Lorax met “Unless” bedoelt: alles zal bij het huidige blijven tenzij iemand zich inzet om verandering te brengen. De Once-ler is nog in bezit van 1 Truffula-zaadje. Hij geeft dit aan Ted om het in het centrum van de stad te planten. Wanneer O’Hare dit verneemt, tracht hij er alles aan te doen om het zaadje te vernietigen. Bomen zorgen voor zuurstof en dat is tegen zijn bedrijf dat “propere lucht” verkoopt. O’Hare tracht de bevolking te overtuigen dat bomen smerige, vuile dingen zijn.
Ted sloopt een gedeelte van de stadsmuur waardoor de bevolking eindelijk ziet welk doods landschap zich daar bevindt. Dit doet de bevolking inzien dat men terug meer respect moet krijgen voor de natuur waardoor de boom alsnog wordt geplant. Dit wordt een success: de natuur herstelt zich. Na enige tijd is er overal terug gras en meerdere Truffula-bomen waardoor de dieren terugkeren. Ook de Lorax verschijnt terug en zegt de Once-ler dat hij een goede keuze heeft gemaakt door het zaadje aan Ted te geven.
De hoofdpersoon is Ariël, een mooie, jonge zeemeermin en een van de dochters van de zeekoning Triton. Ze heeft een obsessie voor mensen en hun spullen, iets wat haar vader absoluut niet kan waarderen omdat hij mensen hartgrondig haat. Hij wijst daarom zijn hofmuzikant, Sebastiaan de krab, aan om op haar te letten.
Op een avond zien Ariël en haar vissenvriend Botje aan boord van een schip de jonge prins Erik. Ariël wordt op slag verliefd op hem. Wanneer het schip in een storm belandt en vergaat, redt ze Erik uit de golven en brengt hem veilig aan land. Ze zingt voor hem op het moment dat hij bijkomt. Hoewel Erik net te laat zijn ogen opendoet om haar nog goed te zien, heeft hij haar wel gehoord. Erik wil naderhand uiteraard weten wie hem gered heeft, maar hij kent nu enkel en alleen haar hemelse stem. Zijn hond Max verraadt Ariël nog bijna, maar ze kan ontkomen voor hij haar ziet.
Wanneer Triton ontdekt dat Ariël verliefd is geworden op een mens, vernietigt hij uit woede al haar verzamelde spullen, inclusief een standbeeld van prins Erik. Verdrietig en kwaad besluit Ariël, overgehaald door de alen Gruwel en Griezel, naar de uit het rijk van Triton verbannen zeeheks Ursula te gaan. Ursula belooft haar in een mens te veranderen zodat ze Erik kan opzoeken, maar op twee voorwaarden: Ariël moet haar stem afstaan en Ariël moet Erik binnen drie dagen een liefdeskus geven. Zo niet, dan wordt ze opnieuw zeemeermin en wordt ze door Ursula gevangengenomen. Ariël gaat akkoord.
Aan land wordt ze al snel gevonden door Erik. Hoewel hij wel gecharmeerd is van haar, herkent hij haar niet als het meisje dat hem gered heeft; hij heeft haar immers niet goed gezien. Omdat Ariël nu geen stem meer heeft, denkt Erik echter dat ze onmogelijk dezelfde kan zijn. Samen met Botje, Sebastiaan en de zeemeeuw Jutter probeert Ariël, ondanks het verlies van haar stem, Erik verliefd op haar te laten worden. Ze is succesvoller dan Ursula had gedacht en dreigt binnen de drie dagen in haar opdracht te slagen. Om roet in het eten te gooien laat Ursula eerst het bootje waar Erik en Ariël inzitten door Gruwel en Griezel kapseizen. Daarna verandert Ursula zichzelf in een mooie jonge vrouw, noemt zichzelf voor een tijdje Vanessa en gebruikt Ariëls stem. Hiermee betovert ze Erik zodat hij denkt dat zij de vrouw is die hem heeft gered. En naderhand maakt Erik meteen huwelijksplannen.
De ceremonie vindt plaats aan boord van een schip. Jutter en de zeedieren verhinderen echter de plechtigheid terwijl Ariël zich naar het schip haast. In de chaos breekt Ursula’s magische schelp en Ariëls stem keert terug naar zijn ware eigenaar, die inmiddels ook aan boord is. Eriks ‘hypnose’ is hierbij ook uitgewerkt en hij beseft wie Ariël is. Hij wil haar kussen, maar net op dat moment gaat de zon onder en is de derde dag voorbij. Ariël verandert weer in een zeemeermin en Ursula neemt haar mee. Dan wordt haar echte plan duidelijk: ze wil door Ariël te gijzelen koning Triton van de troon stoten en zelf aan de macht komen.
Ursula confronteert Triton en biedt hem aan om zijn leven op te offeren voor dat van Ariël. Hij stemt toe waardoor niet Ariël maar hij in een van de gevangenen van Ursula verandert en Ursula zijn macht krijgt. Ursula wordt daarmee heerseres over alle zeeën. Ze verandert zichzelf in een reus en veroorzaakt een draaikolk die enkele scheepswrakken naar de oppervlakte brengt. Terwijl Ursula Ariël probeert te vermoorden met de drietand, klimt Erik aan boord van een van deze wrakken en stuurt het schip recht op Ursula af. Ze wordt gespietst aan de scherpe punt vooraan het schip en sterft.
Nu Ursula weg is, worden al haar gevangenen weer normaal. Triton besluit nu maar te zwichten voor de hartewens van zijn dochter; hij geeft Ariël opnieuw benen zodat ze met haar prins Erik kan trouwen.
Deel 2: Terug naar de zee
De film gaat verder waar het eerste deel geëindigd is: nu prins Erik is getrouwd met Ariel verwachten ze de geboorte van hun dochtertje Melody. Het dochtertje wordt aan alle zeemeerminnen met blijdschap voorgesteld, en natuurlijk ook aan opa, koning Triton.
Hoewel ze gelukkig zijn, worden ze bedreigd door de wraakzuchtige zus van Ursula, Morgana genaamd. Ariel is bang dat Melody later, wanneer ze ouder is, over haar zeemeerminafkomst te weten komt en naar de zee gaat waar de gevaarlijke Morgana is. Om dit te voorkomen is er een heel hoge muur rond het paleis gebouwd. Maar Melody, die de zee fantastisch vindt, waagt zich dan toch uiteindelijk in de zee en wordt een gevaarlijke pion in Morgana’s gemene plan om te heersen over de Zeven Zeeën.
Ariel merkt dat Melody naar de zee gegaan is. Nu moet Ariel, samen met haar zeevrienden haar dochtertje proberen te redden.
De film speelt zich af in het Parijs van 1482. De zigeuner Clopin vertelt een groep kinderen het verhaal van de klokkenluider van de Notre Dame. Het verhaal begint twintig jaar eerder, wanneer een klein groepje zigeuners bij hun tocht naar Parijs wordt onderschept door rechter Claude Frollo en zijn soldaten. De enige vrouw in het groepje vlucht met haar baby naar de Notre Dame omdat Frollo denkt dat er gestolen goederen in het bundeltje wat ze vasthoudt zitten (terwijl het haar verminkte baby is), maar Frollo haalt haar in voor ze naar binnen kan vluchten. De vrouw komt om wanneer Frollo haar baby afpakt en ze zelf een zware val maakt. Frollo ziet het kind als een monster daar het zwaar verminkt is, maar wordt door de aartsbisschop tegengehouden voor hij het kind kan verdrinken in een put. Deze overtuigt Frollo voor het kind te zorgen om zo zijn zonde voor het doden van de zigeunervrouw goed te maken. Frollo stemt met tegenzin toe, op voorwaarde dat het kind in de kerk kan wonen. Hij noemt het kind Quasimodo.
Twintig jaar later is Quasimodo de klokkenluider van de Notre Dame. Frollo staat erop dat hij zich nooit buiten de kerk vertoont daar mensen hem zullen haten voor zijn lelijkheid. Op aandringen van zijn enige vrienden, drie waterspuwers die in Quasimodo’s bijzijn tot leven komen, gaat Quasimodo toch de stad in zodat hij het zottenfestival mee kan maken. Daar die dag iedereen in een gek of lelijk kostuum rondloopt, valt hij niet op.
Ondertussen heeft Frollo de legerkapitein Phoebus terug laten keren naar Parijs om als nieuwe aanvoerder te dienen voor zijn soldaten. Phoebus vergezelt Frollo naar het festival. Daar zijn hij, Frollo en Quasimodo getuige van een dans, opgevoerd door de zigeunerin Esmeralda. Alle drie de mannen worden op slag verliefd op haar. Tijdens het hoogtepunt van het feest wordt Quasimodo ontdekt en spontaan tot koning van het festival gekroond daar hij de lelijkste man van Parijs is. De festiviteiten ontaarden al snel in een marteling voor Quasimodo maar Frollo weigert in te grijpen. Uiteindelijk is het Esmeralda die Quasimodo te hulp komt. Vervolgens ontsnapt ze op spectaculaire wijze aan Frollo’s soldaten, waarna Frollo een arrestatiebevel tegen haar uit laat vaardigen.
Die avond volgt Esmeralda Quasimodo naar de kathedraal. Phoebus op zijn beurt volgt haar dan weer. Wanneer Frollo en zijn soldaten arriveren, redt Phoebus Esmeralda door te zeggen dat Esmeralda een beroep gedaan heeft op het asielrecht van de kerk. Frollo vertrekt maar laat de hele kerk omsingelen door zijn soldaten zodat Esmeralda niet weg kan. Dankzij Quasimodo kan Esmeralda later toch ontsnappen. Voor ze afscheid neemt, geeft ze hem een sieraad dat de weg wijst naar de Hof der Mirakelen, de schuilplaats van de zigeuners.
Frollo wordt geplaagd door zijn gevoelens voor Esmeralda en vreest dat deze lust voor haar hem fataal zal worden. Wanneer hij hoort dat ze is ontsnapt uit de Notre Dame, begint hij een niets of niemand ontziende klopjacht door heel Parijs. Phoebus ziet langzaam in dat Frollo door aan het draaien is en verraadt hem uiteindelijk. Terwijl hij wegvlucht voor Frollo’s soldaten, wordt hij neergeschoten en voor dood achtergelaten. Esmeralda brengt de gewonde Phoebus naar de kathedraal. Frollo beseft uiteindelijk dat Quasimodo Esmeralda heeft helpen ontsnappen en overtuigt hem dat hij haar schuilplaats kent en een grootse aanval beraamd heeft. Om de zigeuners te waarschuwen gaan Quasimodo en Phoebus naar de Hof der Wonderen, niet wetende dat dit juist Frollo’s plan was. Zo leiden de twee Frollo en zijn soldaten onbedoeld naar de zigeuners. Phoebus en alle zigeuners worden gevangengenomen. Esmeralda wordt beschuldigd van hekserij en veroordeeld tot de brandstapel.
Quasimodo redt Esmeralda en brengt haar naar de Notre Dame. Frollo laat zijn soldaten de kerk aanvallen. Terwijl Quasimodo en de waterspuwers de aanval afslaan, ontsnapt Phoebus en zet de bevolking van Parijs aan tot opstand. In de chaos die volgt dringt Frollo de kathedraal binnen voor een laatste confrontatie met Quasimodo en Esmeralda. In het gevecht dat volgt, valt Frollo van de klokkentoren in de gesmolten koper die Quasimodo en de waterspuwers eerder naar beneden hadden gegooid ter verdediging, wat zijn dood betekent. Quasimodo valt ook, maar wordt op een lagere verdieping opgevangen door Phoebus. Quasimodo accepteert dat Esmeralda meer geeft om Phoebus. Buiten wordt hij verwelkomd door de bevolking van Parijs en eindelijk geaccepteerd als een van hen.
Deel 2:
Enkele jaren zijn verstreken sinds de vorige film. Phoebus en Esmeralda zijn getrouwd en hebben een zoon genaamd Zephyr. Phoebus is tevens weer kapitein van de soldaten. Daar Frollo nu dood is kan Quasimodo de Notre Dame verlaten wanneer hij dat wil, maar hij is nog wel de klokkenluider.
Op een dag arriveert er een circus van dieven in Parijs, onder leiding van Sarousch. Ze hebben het voorzien op La Fidel, de bekendste klok van de Notre Dame. Sarousch stuurt Madellaine, zijn assistente, naar de kathedraal om de locatie van de klok te vinden. Ze vlucht echter weg na het zien van Quasimodo. De waterspuwers overtuigen Quasimodo om naar het circus te gaan en Madellaine gerust te stellen. In het circus ziet Sarousch Quasimodo. Wanneer hij beseft wie Quasimodo is, dwingt hij Madellaine om Quasimodo te volgen en bij hem informatie in te winnen over La Fidel. In de kathedraal ziet ze hoe Quasimodo speelt met de jonge Zephyr, waardoor zijn uiterlijk haar niet langer afschrikt. Quasimodo neemt Madellaine mee voor een tocht door Parijs.
Ondertussen ontvangt Phoebus bericht van enkele overvallen in de stad, en gaat op onderzoek uit. In de kerk toont Quasimodo Madellaine La Fidel. De binnenkant van de klok bljkt te zijn gesierd door een enorm juweel. Quasimodo geeft Madellaine een houten beeldje dat hij van haar heeft gemaakt. De volgende dag bekent Quasimodo aan Esmeralda dat hij verliefd is op Madellaine, en ze overtuigt hem dit ook aan haar te vertellen. Phoebus heeft inmiddels ontdekt dat het circus achter de overvallen zit.
Sarousch overtuigt Madellaine ervan om Quasimodo af te leiden zodat hij La Fidel kan stelen. Madellaine stemt met tegenzin toe. Sarousch en twee handlangers dringen de klokkentoren binnen. Ze worden gevolgd door Zephyr en Djali. De waterspuwers proberen het trio tegen te houden door een klok op ze te laten vallen, maar komen er zelf onder te zitten. Wel slagen ze erin Quasimodo te waarschuwen. Deze arriveert te laat om Sarousch nog te stoppen.
Quasimodo vertelt Phoebus over de diefstal, en die verdenkt meteen Sarousch. Tevens arresteert hij Madellaine wegens medeplichtigheid. Quasimodo is ervan overtuigd dat Madellaine hem slechts gebruikt heeft. Hij vindt de waterspuwers onder de bel, en ze vertellen hem dat Zephyr achter Sarousch aan is. Quasimodo en Esmeralda haasten zich naar het paleis van justitie, waar Madellaine is opgesloten. Zij vertelt hen dat Sarousch de catacomben als schuilplaats gebruikt.
Quasimodo en de anderen begeven zich naar de catacomben. Daar treffen ze Sarousch, die Zephyr heeft gevangen en als gijzelaar gebruikt. Dankzij Madellaine kan Zephyr worden gered, en wordt Sarousch gearresteerd. Aan het eind van de film verklaren Quasimodo en Madellaine elkaar de liefde.