Keizer Kuzco
De film draait om Kuzco, de jonge, uitermate egoïstische keizer van een niet nader genoemd land (wat echter wel sterk gebaseerd lijkt te zijn op de Inca-beschaving). Hij laat op een dag de boer Pacha bij hem komen om hem mede te delen dat zijn dorp binnenkort gesloopt gaat worden om plaats te maken voor een nieuw zomerpaleis; Kuzcotopia. Pacha wordt uit het paleis gegooid voor hij kan protesteren.
Ondertussen probeert Yzma, de oude raadsdame van Kuzco, achter zijn rug om de macht te grijpen. Wanneer Kuzco haar ontslaat omdat ze te vaak zijn taken overneemt, maakt ze plannen om hem uit de weg te ruimen door middel van vergiftiging. Haar hulpje Kronk verwisselt echter per ongeluk het gif met een toverdrankje dat Kuzco verandert in een lama. Yzma beveelt Kronk om Kuzco in een zak de stad uit te voeren en hem om te brengen. Kronk kan dit echter niet aan en verliest de zak met Kuzco erin. De zak belandt door toeval op de wagen van Pacha.
Wanneer Kuzco ontwaakt in Pacha’s dorp en ontdekt wat er met hem is gebeurd, eist hij dat Pacha hem terugbrengt naar het paleis. Deze wil dat alleen doen als Kuzco zijn bouwplannen voor Kuzcotopia opgeeft. Kuzco is dit niet van plan en probeert zelf de weg terug te vinden. Hij wordt al snel aangevallen door een groep jaguars, maar wordt gered door Pacha. Kuzco doet nadien alsof hij instemt met Pacha’s voorstel zodat die hem terug naar het paleis zal brengen. De twee moeten echter daadwerkelijk samenwerken wanneer ze tegenover meerdere gevaren komen te staan.
Ondertussen neemt Yzma de macht over in het paleis, tot ze ontdekt dat Kuzco nog in leven is. Zij en Kronk trekken de jungle in om hem te zoeken. Beiden arriveren tegelijk met Pacha en Kuzco bij een restaurant, alwaar Kuzco Yzma hoort opbiechten dat ze hem wil doden. Hij beseft meer dan ooit dat Pacha zijn enige hoop is weer terug bij het paleis te komen.
Na een wilde achtervolging door Kronk en Yzma bereiken Pacha en Kuzco het paleis. Ze dringen binnen in het laboratorium van Yzma om het tegengif voor Kuzco’s verandering te vinden. Yzma blijkt hen voor te zijn en roept de paleiswachters erbij. Terwijl ze wegvluchten voor de wachters probeert Kuzco verschillende drankjes uit, waardoor hij in meerdere dieren verandert. De twee kunnen aan de wachters ontkomen, waarna Yzma hen zelf uit de weg probeert te ruimen. Hierbij breekt ze een van de flesjes met toverdank en verandert in een poesje. Kuzco krijgt uiteindelijk het goede drankje te pakken en wordt weer mens.
Kuzco heeft door dit alles zijn lesje geleerd en schrapt de bouwplannen voor Kuzcotopia. Kronk wordt vergeven van zijn daden en wordt nadien leider van een scoutinggroep, met Yzma (nog steeds als poes) als onvrijwillig lid.
Deel 2: King kronk
Kronk, voorheen de helper van Yzma, is nu de kok en primaire bezorger van het restaurant Mudka’s Meat Hut. Hij maakt zich zorgen om het naderende bezoek van zijn vader. Kronks vader is namelijk niet te spreken over zijn zoons interesse in koken, en zou liever zien dat hij trouwt en zich in een huis ergens op een heuvel vestigt.
In een flashback vertelt Kronk de kijker dat hij ooit dicht in de buurt kwam van het krijgen van dit alles. Hij verkocht toen als onderdeel van Yzma’s plan slangenolie als jeugdserum aan een groep bejaarden. Van het geld kon Kronk zich eindelijk een goed huis kopen. Hij kreeg echter spijt van het bedrog, en gaf iedereen zijn geld terug.
Kronk is ondertussen ook nog leider van de Junior Chipmunks. Hij heeft daar een oogje op zijn collega Miss Birdwell. Wanneer een van de Chipmunks wordt betrapt bij het uithalen van een list om de kampioenschappen van dat jaar te winnen, neemt Kronk hem in bescherming. Dit gaat ten koste van zijn relatie met Miss Birdwell.
Een aantal van Kronks vrienden probeert Kronk te helpen door zich voor te doen als zijn vrouw en kinderen. Ze vergeten dit echter onderling met elkaar af te spreken, waardoor grote verwarring ontstaat. Uiteindelijk beseft Kronk dat zijn vrienden hem meer waard zijn dan een echte familie. Ook Kronks vader accepteert dit uiteindelijk.
